主人公・無明　希沙良(ムミョウ　キサラ)は祖父より由緒正しい神社の経営を受け継いだ後継者。
祖父は陰陽道の世界において、その人ありと言われた強力な使い手だった。

主人公はとても人格者とは言い難く、何より若すぎた。
神社に奉られている(封印されている)化け物のことを考えると、陰陽界は主人公を後継者と認めるわけにはいかない。

祖父は主人公にとって唯一の肉親であり、とても可愛く思っていた。
主人公に陰陽術を教え込もうとした矢先に祖父は病気で亡くなってしまう。
闘病中、主人公に自分の持つ力を受け継がせようと考えた祖父。
主人公を呼び出し基本的な使い方を教えた、そのまま没してしまう。
主人公はそうとは知らず、祖父のお葬式などを済ませ「さあ終わった終わった」と思っていた。

ところが主人公の身体には並々ならぬ強大な陰陽の力が備わっており
陰陽界は後継者と認めざるを得なくなり神社の後継者に決まってしまう。
不思議に思っている主人公は、自分の身体に起こり始めた異変に気付く。
夜になると力が暴走して、ややもすると人を襲い始めるのだ。
祖父は主人公に能力を継承することには成功したが
主人公にはその基本的な素養や身体的能力など様々なものが足りていなかった。

そこで神社に封印されていた化け物が主人公に語りかける。

「私に協力すれば、その力を操れるようにしてやるぞ。　その代わり、私に身体をよこせ」
だが、化け物が欲しいのは主人公の身体ではないという。

（化け物の名は草獣。太古の魔神だと自分では言っている）

主人公がつくった子供に草獣が宿るというのだ。
人間に生まれてみたいのだという。
主人公は要求を断るが、力の暴走は収まらない。
そこで主人公は巫女さんの力を借りることにした。

祖父の代から表向きはバイト、草獣の見張りをしている巫女（琴音・百合菜）たちは或る程度事情を知っており力も持っているからだ。
主人公が「本尊が暴走してる、鎮める為にお前らの力を貸してくれ」と言うとあっさりと快諾する２人。

そこに他神社からのヘルプで、桂木ゆずかがやって来る。
琴音の友人で「見た目よりも頼りになるから」とのこと。
主人公が３人と話していると、見知らぬ少女を連れて巫女装束の女性がやってくる。

「道に迷っていたので連れてきました」と言う女性は、芹沢由真と名乗った。少女は主人公の方をじっと見ている。
主人公が名を尋ねると、不機嫌そうに少女が「皐月」と名乗る。苗字を尋ねると少女は更に不機嫌になり、姿を隠してしまう。

突然やってきた謎の少女・八雲皐月に加え弟子入り志願の芹沢由真、
ヘルプ巫女の桂木ゆずかを加えた５人は神社と主人公を巡る騒動に巻き込まれていく。

昼間は観光客などで賑わう有名神社。日が落ちていくに従って起きる怪異。怪異の原因は暴走した主人公の力か、本尊か。
はたまた……？

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